Действие мультсериала разворачивается в далеком XXVI веке, когда загадочный вирус унёс жизни 99% населения планеты. Единственные два выживших государства - радикальная республика Моника и жестокая диктатура Бренна, подчиненная власти безжалостного ученого Тревора Гудчайлда. Для спасения мира женщина-агент по имени Эон Флакс из Моники отправляется...