В ходе сложной операции группа под руководством Ямато получает задание поймать опасного злодея по имени Мукаде. Однако этот злой гений использует могущественную технику — поглощающую печать, которая переносит его и окружающих в прошлое. В этом загадочном временном промежутке Наруто сталкивается с командой, возглавляемой Минато, и королевой Сарой....